Formålet med arbejdet med tværsektoriel implementering er, at FMK anvendes korrekt hos de alment praktiserende læger, praktiserende speciallæger, hospitaler og kommuner. Dette sker for at sikre, at patienternes aktuelle medicinoplysninger er tilgængelige for alle aktører i et patientforløb.

For at det kan lykkes, skal der ske ajourføring af patientens FMK ved ny ordination eller når der sker ændringer i en eksisterende ordination. En forudsætning for det er, at læger og andet sundhedspersonale omkring patienten inddrager FMK som en fast del af deres arbejdsrutiner. For at sikre en tværsektoriel anvendelse af FMK er der nedsat en styregruppe på tværs af sektorerne, som koordinerer arbejdet med korrekt anvendelse af FMK.